20XX年、少年法が新しく改正され、法務省矯正局が委託した民間企業が少女刑務所を運営することになった。
記憶をなくした少女・パルが刑務所に収監されるところから物語が始まる。

収監人数321人。通称「マジすかプリズン」。
元々学園だった施設を改装した物とされる。
少女たちは罪状に関係なく無期懲役が科せられ、プリズン側が模範生として認めた場合のみ釈放となる。
また、刑務所内であれば自由に移動することが可能である。受刑者それぞれにチームが割り振られ、受刑者同士で戦わなければならない。
施設内の森の境界線を抜けると受刑者それぞれに付けられた腕輪から毒が発生し、死に至る。

前作『マジすか学園2』まで主演を務めてきた前田敦子に替わり、島崎遥香が主演となった。これに併せて、主要メンバーや役設定も大幅に変更した。また、舞台も前作までの不良学園ドラマと打って変わり、20XX年の少年刑務所（民間更生教育法人が「プリズン HOPE」を運営）に設定された。あくまでも20XX年の設定であるが、舞台『マジすか学園 〜京都・血風修学旅行〜』の冒頭でゲキカラの入所していた刑務所の看守が、「今度ぶち込まれるのは、ここじゃねえ…地獄のHOPE、マジすかプリズンだ」と発していることから、1・2・4・5と同じ世界観にあると思われる。（物語の時間軸は不明）

コレジャナイ感が凄かった

やっぱ失敗って風潮なんか…
初めてDVD買ったんだが…
囚人もので退廃的でキャラも話もよかったからめちゃくちゃハマったわ
元チーム4メン好きになったのも3がきっかけだったし

なんかキャラが薄い気がするんだよなー
ゲキカラみたいにぶっとんだのいねーの