宗介とポニョが津波から逃れるため高台に上って行くと、あるトンネルにたどり着きます。

しかしなぜかポニョはトンネルを進みたがりません。結局、宗介に促され、ポニョも一緒にトンネルをくぐり抜けると、なんと人間の女の子になりかけていたポニョが魚の姿に戻ってしまいました。

ポニョの本名は「ブリュンヒルデ」。ブリュンヒルデとは、北欧神話に登場する人物であり、ワルキューレの一人。ワルキューレは半神であり、戦死した勇者の魂をあの世に連れていく役割があります。

宗介の父である耕一は、内航貨物船「小金井丸」船長。耕一は過去に、船の墓場に辿り着いた経験があります。この時耕一は、観音様に助けられたと戻ってきました。

しかしこの墓場は、着いたら二度と戻ってこれないと言われてる場所なのです。

『崖の上のポニョ』の音楽を担当した久石譲は、インタビューで以下のように語っています。

「死後の世界や輪廻など、難しいテーマを投げかけている。しかし子どもからは少年の冒険の物語として受け入れられる。この二重の構造をどう音楽で表現するのかに悩んだ」