論文疑惑が巻き起こって以来、マスコミの前に姿を現さなかった小保方氏は、4月9日になって記者会見を開いた。「STAP細胞はあります」「作成は200回以上成功した」等の主張を行い、時に涙をこぼしながらコメントする姿はテレビ等で大々的に報道され、ネット上でも賛否入り乱れる話題となる。続いて16日には小保方氏の指導を担当していた笹井芳樹も会見を行い、STAP細胞の実在を主張する（ただし論文撤回には同意）。

　5月6日、理研の調査委員会はこれらの不服申立てに対し、調査結果は妥当であるとして再調査を却下。研究不正は確定した。同日、関係者に対する処分を検討する懲罰委員会が設置される。

　なお、小保方氏については過去の論文にさかのぼって検証が行われ、複数の論文剽窃・捏造疑惑が発覚し、理研や出身校の早稲田大学を巻き込んでのスキャンダルに発展している。

指導を行った笹井芳樹氏も8月に自殺するなど、日本の科学研究の信頼を揺るがす大事件へと発展した。

　理研では4月に検証チームを結成してSTAP細胞の再現を試みた。また、小保方氏も7月から11月にかけて再現実験を別で行わせた。
　そして12月19日、いずれもSTAP細胞を再現することはできず、検証は打ち切られた。

　12月26日に調査委員会が記者会見を開き、残されていたSTAP細胞を調査した結果、ES細胞由来の可能性が高いと結論をつけ、STAP細胞の存在を否定することとなった。ただ、ES細胞がどのように混入されたのかまでは追及できなかった。